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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

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INRAE - Unité de recherche pluridisciplinaire Prairies et Plantes fourragères

Jean-Paul Sampoux

Ingénieur de Recherche Hors Classe, Département Biologie et Amélioration des Plantes

INRAE
sampoux1

Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fouragères (UR P3F)

INRAE, RD150, CS 80006

86600 Lusignan, France

Tel: (+33) 5 49 55 60 27

Fax: (+33) 5 49 55 60 44

jean-paul.sampoux{a}inrae.fr

Formation

Ingénieur agronome INA Paris-Grignon (1980)

Domaines d'intérêts scientifiques

Analyse de la diversité génétique des espèces des prairies

Mes travaux de recherche sur ce thème ont pour finalités l’amélioration des services écosystémiques fournis par les prairies et la préparation de leur adaptation au changement climatique probable des prochaines décennies. Il s’agit de recherches exploratoires essentiellement basées sur les collections du Centre de Ressources Génétiques des Espèces Fourragères et à Gazon, dont je suis responsable et qui est hébergé par l’UR P3F, ainsi que sur les collections d’autres centres de ressources génétiques partenaires de pays européens. Ces recherches concernent principalement la diversité naturelle des espèces des prairies. Elles visent à identifier des ressources génétiques originales adaptées à des conditions environnementales contraignantes, ainsi que des marqueurs génomiques de ces adaptations. J’ai ainsi été coordinateur de 2015 à 2019 du projet européen GrassLandscape (appel d’offres FACCE-JPI ERA-NET+ Climate Smart Agriculture) qui avait pour objectif de combiner des approches de génomique du paysage et de génétique quantitative pour identifier des marqueurs génomiques de l’adaptation au climat dans la diversité naturelle du ray-grass anglais (Lolium perenne L.). Ce projet a permis de réaliser une reconstruction phylogéographique de l’expansion du ray-grass anglais en Europe (Blanco-Pastor et al, 2019), de développer des modèles de prédiction génomique de la diversité phénotypique naturelle de l’espèce (Keep et al, 2020), de mettre en évidence ses stratégies d’adaptation fonctionnelle au climat (Keep et al, 2021) et de proposer une nouvelle méthode de détection de la diversité génomique adaptive combinant données génomiques, phénotypiques et environnementales (Blanco-Pastor et al, 2020). Ces résultats pourront être utilisés pour identifier des régions d’Europe où la diversité naturelle du ray-grass anglais est menacée par le changement climatique et de préparer des stratégies d’adaptation de l’espèce basées sur sa diversité génétique adaptative (Thèse Thomas Keep, 2021).

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Vulnérabilité des populations naturelles locales de ray-grass anglais au climat prédit pour la période 2041-2071 (RCP8.5, RCA4) estimée à partir de 633 loci adaptatifs (vulnérabilité croissante des couleurs froides aux couleurs chaudes). Auteur : T Keep.

Plus anciennement, j’ai développé des modèles de niche environnementale de différents taxons du groupe des fétuques à feuilles fines (Festuca rubra et Festuca ovina) (Sampoux et Huyghe, 2009) et indiqué comment de tels modèles pouvaient être utilisés pour améliorer la prospection de sources de diversité naturelle d’espèces végétales et leur gestion en collection (Sampoux et Badeau, 2009). J’ai aussi conduit un projet sur l’analyse de la distribution environnementale et spatiale de la diversité naturelle du ray-grass anglais à l’échelle locale (site de Charente limousine) et sur ses échanges génétiques avec la diversité semée localement (Sampoux et al, 2013a).

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Distribution spatiale de la date d’épiaison du ray-grass anglais présent dans les prairies naturelles d’un site de Charente limousine (Genouillac).

Méthodologie de la sélection

Au cours des dernières années, j’ai coordonné une étude théorique sur l’adaptation des méthodes de sélection récurrente pour l’amélioration de la valeur en mélanges d’espèces (WP3 du projet ANR Praise). La culture de mélanges d’espèces est en effet un des leviers importants pour l’amélioration les services écosystémiques des productions agricoles dans le cadre de la transition agroécologique. Ce travail a permis de préciser les meilleures conditions de mise en œuvre de schémas de sélection basés sur des tests de descendances (Sampoux et al, 2020).

Plus anciennement, j’ai conduit des travaux pour évaluer le progrès génétique obtenu chez le ray-grass anglais par le travail de sélection des obtenteurs pour la valeur en fourrage (Sampoux et al, 2011) et en gazon (Sampoux et al, 2013b). J’ai également coordonné un projet (Effilolium) pour évaluer l’intérêt de caractères écophysiologiques (indice de nutrition azotée, discrimination du 13C) comme critères de sélection du ray-grass anglais.

Participation à des projets de recherche

GrassLandscape (coordinateur): Bridging landscape genomics and quantitative genetics for a regional adaptation of European grasslands to climate-change. Appel à projets FACCE-JPI ERA-NET+ Climate Smart Agriculture, 2015-2019, https://www.faccejpi.com/Research-Themes-and-Achievements/Climate-Change-Adaptation/ERA-NET-Plus-on-Climate-Smart-Agriculture/Grasslandscape et https://project-wheel.faccejpi.net/grasslandscape

ImprovLoliumCol (coordinateur): Facilitating use on the European perennial ryegrass collection - Improving access to genetic resources and C&E data. ECPGR Sixth Activity Grant Scheme, 2018-2021. https://www.ecpgr.cgiar.org/working-groups/forages/improvloliumcol

ColNat_Fourrage+ (coordinateur) : Sauvegarde et caractérisation de collections fourragères. Appel à projets ‘Soutien aux ressources maintenues in situ et aux collections’ du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA) et du Groupement National Interprofessionnel des Semences et des plants (GNIS), 2019-2021.

Praise: Amélioration génétique des prairies semées face aux aléas climatiques - valorisation de la diversité. Appel à projets ANR Bio-Adapt, 2014-2017. Responsable du WP3 ‘Méthodologie de la sélection pour des mélanges d’espèces’.

Climagie : Analysis and valorisation of intra- and inter-specific agro-ecological strategies to adapt grassland communities to climate change : plant breeding and ecological intensification, Projet du métaprogramme INRA ACCAF (Adaptation au changement climatique de l’agriculture et de la forêt), 2012-2015.

Aglaé : Les Associations Graminées - Légumineuses fourragères : la diversité génétique pour Accroître les services Écosystémiques permis par les prairies. Appel à projets de recherche CTPS, 2012-2014

Effilolium (coordinateur): Efficacité du prélèvement de l’azote et efficience photosynthétique en conditions de production fourragère chez le ray-grass anglais (Lolium perenne L.) : recherche de critères d’évaluation et exploration de la diversité disponible. Appel à projets de recherche CTPS, 2011-2013

Diversité locale du ray-grass anglais (coordinateur) : Etude du maintien de la diversité spontanée intra-spécifique des espèces prairiales semées dans les paysages à forte activité d’agriculture-élevage. Appel à projet Bureau des Ressources génétiques, 2007-2009.

Responsabilités diverses

Directeur-adjoint de l’UR P3F.

Responsable du Centre de Ressources Génétiques des espèces fourragères et à gazon hébergé par l’UR P3F (https://www6.nouvelle-aquitaine-poitiers.inrae.fr/urp3f/Ressources-et-Services/Centre-de-Ressources-Genetiques)

Représentant du réseau national ressources génétiques des espèces fourragères et à gazon dans le groupe de travail espèces fourragères du réseau européen d’échange de ressources génétiques ECPGR (https://www.ecpgr.cgiar.org/working-groups/forages)

Membre de la section Plantes Fourragères et à Gazon du CTPS.

Expert CTPS gazon.

Président de la commission d’agrément de l'ACVF (Association des Créateurs de Variétés Fourragères).

Voir aussi

Publications

Keep, T., Sampoux, J.P., Barre, P.; Blanco-Pastor, J.L., Dehmer, K., Durand, J.L., Hegarty, M., Ledauphin, T., Muylle, H., Roldan-Ruiz, I., Ruttink, T., Surault, F., Willner, E., Volaire, F. (2021) To grow or survive: which are the strategies of a perennial grass to face severe seasonal stress? Functional Ecology.

Blanco-Pastor, J.L., Barre, P., Keep, T, Ledauphin, T., Escobar-Gutiérrez, A., Roschanski, A.M., Willner, E, Dehmer, K. J., Hegarty, M., Muylle, H., Veeckman, E., Vandepoele, K., Ruttink, T., Roldán-Ruiz, I. Manel, S., Sampoux, J. P. (2020) Canonical correlations reveal adaptive loci and phenotypic responses to climate in perennial ryegrass. Molecular Ecology Resources, doi: 10.1111/1755-0998.13289

Keep, T., Sampoux, J. P.,  Blanco-Pastor, J. L., Dehmer, K. J.,  Hegarty, M. J.,  Ledauphin, T., Litrico, I., Muylle, H., Roldán-Ruiz, I., Roschanski, A. M., Ruttink, T., Surault, F., Willner, E., Barre, P. (2020). High-throughput genome-wide genotyping to optimize the use of natural genetic resources in the grassland species perennial ryegrass (Lolium perenne L.). G3 - Genes|Genomes|Genetics, https://www.g3journal.org/content/ggg/10/9/3347.full.pdf (accès libre)

Sampoux, J.-P. ; Giraud, H. ; Litrico, I. (2020) Which recurrent selection scheme to improve mixtures of crop species? Theoretical expectations. G3 – Genes|Genomes|Genetics 10 (1) : 89-107. https://www.g3journal.org/content/ggg/10/1/89.full.pdf (accès libre)

Blanco-Pastor, J. L., Manel, S., Barre, P., Roschanski, A. M., Willner, E., Dehmer, K. J., Hegarty, M., Muylle, H., Ruttink, T., Roldán‐Ruiz, I., Ledauphin, T., Escobar-Gutiérrez, A., Sampoux, J.-P. (2019). Pleistocene climate changes, and not agricultural spread, accounts for range expansion and admixture in the dominant grassland species Lolium perenne L. Journal of Biogeography (46), 1451-1465. , doi : 10.1111/jbi.13587

Barre, P, Ruttink, T, Muylle, H, Lootens, P, Sampoux, JP, Rohde, A, Combes, D, Roldan-Ruiz, I (2018) Natural diversity in vegetative and reproductive investments of perennial ryegrass is shaped by the climate at the place of origin. GRASS AND FORAGE SCIENCE 73, 193-205, DI 10.1111/gfs.12304

Sampoux J.P., Béguier V., Bourdon P., Galbrun C., Gras M.C., Noël D., Pietraszek W., Poinsard L., Tharel B., Durand J.L. (2016) Efficacité du prélèvement de l’azote et efficience de l’eau en conditions de production fourragère chez le ray-grass anglais : recherche de critères d’évaluation de la diversité variétale Innovations Agronomiques 50, 111-121. https://www6.inrae.fr/ciag/content/download/5889/44154/file/Vol50-10-Sampoux.pdf (accès libre)

Sampoux J.P., Barre P., Litrico I., Fourtier S., Willner E., Nehrlich S. (2013a) La diversité naturelle des graminées fourragères: une ressource génétique à mieux connaître, préserver et valoriser depuis l’échelle locale jusqu’à l’échelle continentale. Innovations Agronomiques, 29, 35-60. https://www6.inrae.fr/ciag/content/download/5083/40139/file/Vol29-4-Sampoux.pdf (accès libre)

Sampoux J. P., P. Baudouin, B. Bayle, V. Béguier, P. Bourdon, J. F. Chosson, K. de Bruijn, F. Deneufbourg, C. Galbrun, M. Ghesquière, D. Noël, B. Tharel and A. Viguié (2013b) Breeding perennial ryegrass (Lolium perenne L.) for turf usage: an assessment of genetic improvements in cultivars released in Europe, 1974–2004. Grass and Forage Science 68, 33-48.

Sampoux JP, Baudouin P, Bayle B, Beguier V, Bourdon P, Chosson JF, Deneufbourg F, Galbrun C, Ghesquiere M, Noel D, Pietraszek W, Tharel B, Viguie A (2011) Breeding perennial grasses for forage usage: An experimental assessment of trait changes in diploid perennial ryegrass (Lolium perenne L.) cultivars released in the last four decades. Field Crops Research, 123, 117-129.

Sampoux JP, Huyghe C (2009) Contribution of ploidy-level variation and adaptive trait diversity to the environmental distribution of taxa in the 'fine-leaved fescue' lineage (genus Festuca subg. Festuca). Journal of Biogeography, 36, 1978-1993.

Sampoux J.P., Badeau V. (2009) Modélisation de la niche écologique des fétuques à feuilles fines : quels apports pour la conservation et la valorisation des ressources génétiques ? Innovations agronomiques, 7, 79-91. https://www6.inrae.fr/ciag/content/download/3593/35471/file/Vol7-6-Sampoux.pdf (accès libre)